JAしまね雲南地区本部は島根県の東部に位置し、松江市、出雲市に隣接し、東南部は広範な山間部である中国山地を隔て広島県と鳥取県に接しています。
JAしまね雲南地区本部の南部に位置する飯南町の平坦地の標高は約450mで、県下でも代表的な高原地帯であり、北部は出雲平野に続いていることから、JAしまね雲南地区本部の地域は標高差が大きい地域となっています。また、八岐大蛇(やまたのおろち)伝説の神話で名高い斐伊川も源流域から流れています。
JAしまね雲南地区本部の地域は、豊かな水源に恵まれており良質米産地としても知られています。また、古くから和牛とのかかわりが深く、現在は「奥出雲和牛」の産地として高い評価を受けています。
このように、JAしまね雲南地区本部の地域は「農業の宝の山」と評価されており、JAしまね雲南地区本部ではこの豊かな自然を生かした営農活動、産直事業、生活文化活動などの取り組みを全国へ発信しています。